1999年2月4日，中国航空工业总公司同意南京航空航天大学设立“公有民办二级学院”。

1999年2月12日，江苏省教育委员会同意南京航空航天大学举办公有民办金城学院。金城学院属南京航空航天大学的二级学院，属公有性质，引入民办机制，由南京航空航天大学统一管理。

1999年3月5日，中共南京航空航天大学委员会正式下发文件，决定成立“南京航空航天大学金城学院”。至此，南京航空航天大学金城学院正式成立。

1999年3月8日，南京航空航天大学下发文件，任命伍贻兆同志兼任金城学院院长，吴庆宪同志兼任金城学院副院长，龚晓芳同志兼任金城学院副院长，我院首任领导班子形成。

1999年9月，南京航空航天大学与南京金城集团合作成立金城学院。

1999年9月，第一批新生入校、编入南京航空航天大学相应学院，共计招收新生111人。