南京航空航天大学金城学院科研处（民办高等教育研究所）是负责学院科学研究、科研团队、科研基地、科技服务、科技成果管理的主管职能部门，主要职责是：制定科研发展中长期规划和年度工作计划；建立健全科研成果奖励机制；组织申报、管理和验收各类科研项目；推动产学研合作和成果转化；负责科研队伍、科研基地建设；负责学院科研工作量的核算；进行科技成果、科技论文、科技论著管理及知识产权保护等工作。